秋季采挖水菖蒲的根茎，除去茎叶及细根，晒干待药用。根茎较粗大，少有分枝，直径1~1.5cm。表面类白色至棕红色。
节间长0.2~1.5cm，上侧有较大的类三角形叶痕，下侧有凹陷的圆点状根痕。质硬，折断面海绵状，类白色或淡棕色，横切面内皮层环明显，有多数小空洞及维管束小点。气较浓烈而特异，味辛。
水菖蒲含α-、β-醚、顺甲基异丁香酚、甲基丁香酚、菖蒲烯二醇）、菖蒲螺烯酮、水菖蒲酮、菖蒲螺酮、菖蒲大牯牛儿酮、菖蒲酮。性温，味辛、苦。开窍，化痰，健胃，醒神。用于、痰热惊厥、胸腹胀闷、慢性。辛、苦、温。归心、脾、肝经。
水生植物石菖蒲种子怎么种才好发芽？剪开硬壳一个小口、芽心处，用55度温水泡几分钟；等吸足水后再播种，很忙就发芽了。
石菖蒲栽培用根茎繁殖，春季挖出根茎，选带有须根和叶片的小根茎作种，播种前用新高脂膜喷洒茎块，可与种衣剂混用，驱避地下病虫，隔离病毒感染。栽后盖土压紧
石菖蒲与水菖蒲的叶子有什么区别?
1、一般而言，叶片形状的不同是两者叶子的不同，石菖蒲叶片呈现剑条形，而水菖蒲是剑状线形，而且石菖蒲叶片更加具有光泽。水菖蒲叶片更长一些。
2、石菖蒲叶剑状条形，两列状密生于短茎上，全缘，先端惭尖，有光泽，中脉不明显。4～5月开花，花茎叶状，扁三棱形，肉穗花序，花小而密生，花绿色，株高30～40厘米，全株具香气。硬质的根状茎横走，多分枝无观赏价值。浆果肉质，倒卵圆形。
3、水菖蒲，叶片剑状线形，长50-120厘米，端渐尖，中部宽1-3厘米，叶基部成鞘状，对折抱茎。中脉明显，两侧均隆起，平行脉每侧3-5条。6-9月开花，花茎基出，扁三棱形，长20-50厘米。全株有香气。具横走粗壮而稍扁的根状茎，径0.5-2厘米，上生有多数须根。
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